Sezaryen ameliyatında çok nadiren görülse de en sık görülen komplikasyonlar enfeksiyon, kanama ve pelvik organ yani rahime yakın bulunan mesane, barsak gibi organların yaralanmalarıdır. 
Sezaryen ameliyatı sonrasında bacak damarlarında pıhtı oluşması ve akciğerlere pıhtı atma riski normal doğuma göre fazladır.

Sezaryenin bir dezavantajı doğumdan hemen sonra anne bebek etkileşimini geciktirmesi veya engellemesidir.

Sezaryen sonrası anne normal doğuma göre çok daha geç iyileşir. Hastaneden daha geç taburcu olur. Günlük hayatına ve işine dönmesi daha uzun süre alır.

SEZARYEN DOĞUMLA İLGİLİ DOĞRU BİLİNEN YANLIŞLAR

Sezeyan sonrası ağrı normal doğuma göre çok daha fazla olur.

Sezaryen sonrasında bebekte solunum sıkıntısı olma riski daha fazladır. Normal doğumda bebek doğum kanalından geçerken uğradığı basınç sayesinde akciğerlerindeki su dışarı atılır ancak sezaryende bu gerçekleşmediği için solunum sıkıntısı meydana gelebilir.
-
Bazı araştırmalar sezeryan ile doğan çocuklarda astım hastalığına daha sık rastlandığını göstermiştir.