Balyoz'a son şekli verilmesi için toplandığı iddia edilen 5-7 Mart 1. Ordu Harp Semineri'nde en sert ifadeler, Şükrü Sarıışık'a aitti. Sarıışık, "Bana göre yapılacak en kolay harekât tarzı bir 12 Eylül gibi harekâtın baştan itibaren organize edilmek suretiyle bir anda söndürülmesi imkân sağlar, diye düşünüyorum." diyerek Balyoz'un tam bir darbe planı olarak biçimlendirilmesi gerektiğini savunuyordu.
Balyoz'da özellikle "irtica ile mücadele" konularında aktif olduğu öne sürülen Sarıışık'ın iddia edilen ses kayıtlarında Türk Silahlı Kuvvetleri'ni "pasif" olmakla suçladığı görülüyor. "Aldığımız istihbarat ve yaptığımız değerlendirmelere göre İstanbul'da yaklaşık 200-210 bin, İzmit'te 21 bin, Adapazarı'nda 12 bin olmak üzere toplam 240-250 bin kişinin irticai ve bölücü unsurlara destek verebileceği değerlendirilmektedir. Özellikle İstanbul ve Güneydoğu Anadolu Bölgesi'ndeki olaylara İsrail örneğinde olduğu gibi kesin süratli ve sert tedbirler alınmadığı takdirde bilhassa irticai olayların ülke geneline yayılma ihtimali mevcuttur." sözleriyle irtica ile mücadelede "İsrail taktiği" kullanılmasını önerenin de Sarıışık olduğu ileri sürülüyor.
Ergenekon'un ikinci iddianamesinin ek klasörlerinde, eski Jandarma Genel Komutanı emekli Orgeneral Şener Eruygur'dan çıkan belgelerde ve Mustafa Balbay'ın günlüklerinde ismi yer alan Şükrü Sarıışık, 2004 yılında yapıldığı iddia edilen bir toplantıda şu sözleri sarf etmiş: "Onların icraatlarının demokrasi ile önlenmesi mümkün değil. Alternatif lazım. Kamuoyunun bizden beklentisi var. Çoğunluğun hakkını gasp ediyorlar. Erbakan kararı onları rahatlatmıştır." 3 Mart 2004 tarihinde Ankara Ticaret Odası'nda düzenlenen ve Ergenekon iddianamelerinde "cuntanın güç gösterisi" olarak görünen 3 Mart 2004 tarihli "Hilafetin İlgası ve Tevhid-i Tedrisat Kanunu'nun 80. Yılı ve Günümüz Türkiyes'si" konulu panelde de Şükrü Sarıışık ailesiyle birlikte yer almıştı.
Zaman