Raporun 'Ergenekon Komplosu ve Dini Azınlıklara Yönelik Şiddet' başlıklı kısmında Türk yetkililerin 'ordu ve güvenlik güçleri ile yargı ve laikçi siyasi seçkinlere bağları bulunan aşırı milliyetçi bir yeraltı teşkilatı' olan Ergenekon'un üzerine gittiği kaydedildi.
Trabzon'de Rahip Andrea Santoro'nun, Malatya'da Zirve Yayınevi'nde üç Hıristiyan misyonerin ve Ermeni gazeteci Hırant Dink'in öldürülmesi Ergenekon'la bağlantı iddiası bulunan olaylar olarak sıralanırken, Ergenekon komplocularının Rum ve Ermeni patriklerini, bir Alevi ve Yahudi lideri öldürme planlarından da bahsedildi. Raporda, "Ergenekon'la ilgili bir başka davada, Türk ordusunun bir generalinin Müslüman vaiz Fethullah Gülen'in takipçilerinin evlerine silah yerleştirerek İslami militanlık korkusu yaratma komplosu düzenlediği iddia ediliyor." denildi. Balyoz davasının da yer aldığı raporda, Ergenekon davasının hükümet muhaliflerini susturmak için kullanıldığına dair iddialar olduğuna da işaret edildi. USCIRF uzmanı Ziya Meral'in rapora giren notunda, Hıristiyanlara saldırıların bazı Ergenekon tutuklamalarından sonra azaldığına dikkat çekildi.
Türkiye'deki 'devlet laikliği'nin özellikle dini azınlıkların, çoğunluktaki Sünni Müslümanların ve Alevilerin özgürlüklerini 'kayda değer oranda' kısıtladığı belirtildi. ABD hükümetine Heybeliada ruhban okulunun açılması, bayanların dini ve dini olmayan görüşlerini giyim yoluyla (mesela başörtüsüyle) ifade etmesine özgürlük verilmesi yönünde Ankara'yı teşvik etmesi çağrısında bulunuldu.
Komisyonun üyelerinden Imam Talal Eid, Türkiye'deki durumun İzleme Listesi'ne koyulmayan Yunanistan'dan daha ciddi olmadığı gerekçesiyle Türkiye'nin İzleme Listesi'ne sokulma kararının altına imza atmadı. Üye William Shaw ise, Kuzey Kıbrıs'taki din özgürlüğü meselelerinin Türkiye kısmında ele alınmasından dolayı aleyhte oy kullandı.
ABD Dışişleri'nin din özgürlüğü konusunda 'Özellikle Kaygı Duyulan Ülkeler' listesinde Burma, Çin, Eritre, İran, Kuzey Kore, Suudi Arabistan ve Sudan bulunuyor. USCIRF, son raporunda bu listeye Mısır, Irak, Nijerya, Pakistan, Türkmenistan ve Vietnam'ın da eklenmesini tavsiye ediyor. USCIRF'in İzleme Listesi'nde ise Afganistan, Belarus, Küba, Hindistan, Endonezya, Laos, Rusya, Somali, Tacikistan, Türkiye ve Venezuela var.
Zaman