Risalelerin sistemi olan Marifetullah ilmi, ifadede, ulûm-u âlî ile alet ilimlerini ve birlikte  fen ilimlerini pratik bilimlerle iç içe kullanır.

Bunu anlamada Gazali'nin 'Astronomi bilmeyen Marifetullahta eksik kalır' şeklindeki ifadesi ile Bediüzzaman’ın Âyet-ülKübra risalesi önemli birer örnek olabilir.

Bediüzzaman'ın ilk dönem eserleri bu anlamda risale sisteminin metodolojik kaynakları olarak görülmelidir.

Buradaki sistematik zemin üzerinden îman ve hakikat işlenmiştir.

Bu zemin Musa peygamberin (a.s.) asâsıyla açtığı büyük îman çukurundan fışkıran ve her vurduğu yerden bir zihinsel süreci doğuracak büyük nebevî buluşun eseridir. (Risale-i Nur'un Asâ-yı Musa'ya benzetilmesi bu açıdan dikkat çekicidir.)

Bu zeminin son ve en mükemmel güncellemesi ile ve düşüncenin son noktasını çizen son vahiy Hz. Muhammed'in (a.s.m.) mirac'ıyla Hâlık-ı Külli Şey'e ulaşan büyük bir sistemi açmıştır.

Sonrasında gelen tarîkler bu caddeyi genişletmiş, çeşitlendirmiş ve süslemişlerdir.

Her bir tarîk îmanın büyük silsilesinin sonunu yakalayacak bir ilmi ve ötesinde marifeti üretebilme iddiasında olagelmiştir.

Hz. Musa'nın dünyayı iğne deliğinden geçirecek îman sistemi ile Hz. Muhammed'in bütün kâinatı, cennet, cehennemi avucuna alacak bir îman sistemine taşıması büyük peygamberlik silsilesinin son noktasına ulaşması olarak 'insanlık tarihi' şeklinde ortaya çıkmıştır.

İşte risale mesleği bu peygamber mesleğinin 'büyük silsilesi'ni doğrudan esas almıştır.

Bunun üzerinden bir sistem oluşturmuştur.

Rol model olarak 'sahabe mesleği' kabul ettiği bu yolla îman, Marifetullah yoluyla bir anda, ışık hızıyla, bazen hayâl suretinde, bazen çok daha büyük hızlı yeni bir hızla hakikatin etrafı çizilebilmiştir.

İlm-elyakîn, ayn-elyakîn ve hakkalyakîn mevkilerini de iç içe geçiren bu sistemle her an bir 'atlama', deniz üzerinde dalgalardan atlayan su damlaları gibi, kendi küçük ama şiddeti büyük bir sıçrama ile tüm süreçleri tersine çeviren bir çeviklikle hakikate ulaşabilecek bir yaklaşım (izân) kazanabiliyor.

Risale sisteminde hakikatin gözle görülür, elle tutulur; görülür tutulmaz; tutulmaz, görülmez hissedilir; görülmez ve hissedilmez anlaşılır olan (bu durumda vicdan akla bir penceredir) düzeylerindeki yansımalarını hiç tutmaya çalışmadan ama tutuyormuşçasına bir ilimle, yaşıyormuşçasına bir sistemle ortaya çıkarabilecek yüksek bir akıldır.

Bunun için tabiatın her parçası bir sıçrama tahtasıdır, her şeyin içindeki bir su sızıntısı gibi bir reşha, büyük bir evren sisteminin içine konulmuş bir nüvesidir; böylece tabiata şakirdlik etmek, kâinatı okumak şeklindeki bir ilimle marifet kazanılır.

Bir refleks oluşturulur; her şeyde  O'na ulaşacak bir yol bulunur, her vurduğu yerden hakikat ışığı patlatılabilir, bir dokunuşla bir 'Büyük İsmin' (İsm-i Âzam) burcuna çıkılabilir.

Bunun için her bir fen bir laboratuvardır. Çünkü her şey O'ndan geldiği için O'ndan bahseder.