Murat Bardakçı'nın Haberturk'te yaptığı habere göre 1990'lı yılların sonunda fakültelerin gayet kıymetli eserlerin bulunduğu ve onbinlerce cildi barındıran seminer kitaplıkları “yer sıkıntısı” gerekçesi ve rektörün talimatı ile kapatıldı, kitaplar kolilere doldurulup mahzenlere atıldı. 1999 depreminden sonra ise Üniversite Kütüphanesi’nin Nadir Eserler Bölümü olan bina hasar gördü, buradaki kitaplar da boşaltıldı, bina restorasyona alındı ve senelerce kapalı kaldı.

Bardakçı'ya göre O günlerde, piyasayı üzerinde Üniversite Kütüphanesi’nin damgası olan kitaplar sardı. Sultan Abdülhamid’e ait eserler sergilerde, dükkânlarda ve mezatlarda boy gösteriyor; üstelik bazı kitap kolilerinin kamyonlara konup çöpe gönderildiği de söyleniyordu. Bardakçı haberinde "O günlerde meseleyi defalarca yazdım, Prof. Alemdaroğlu ile bazı toplantılarda tartıştım ve rektörden hep aynı cevabı aldım: Kütüphane, restorasyonun tamamlanmasının ardından daha mükemmel ve Atatürkçü bir şekilde tekrar hizmete girecekti!" ifadelerini kullanıyor.

Bina daha sonra tekrar hizmete açıldı, Alemdaroğlu’nun ardından seminer kitaplıklarındaki eserlerden kalanlar da yeniden eski yerlerine taşındı ama binlerce cilt maalesef kayıptı!

Bu binlerce kitabın akıbetini, İstanbul Büyükşehir Belediyesi’ne ait olan Taksim’deki Atatürk Kitaplığı’nın müdürü Ramazan Minder, bundan birkaç ay önce ortaya çıkardı. Bazı kitap koleksiyonerleri, çöpe atılan koliler dolusu kitapları bulmuş, satın almış ve kendi kütüphanelerine koymuşlardı.

Sultan Abdülhamid’e ait olan eserlerin toparlanabildiği kadarının yeniden bir kütüphaneye gitmesi için gerekli finansmanı İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş sağladı ve Atatürk Kitaplığı’nın müdürü Ramazan Minder, 4 bin 500 kadar eseri geçtiğimiz aylarda satın alarak başında bulunduğu Atatürk Kitaplığı’na yerleştirdi.

Bardakçı, yapılan kıyımın Moğolların kitap kıyımından daha şiddetli olduğunu belirterek şu ifadeleri kullanıyor:

"Türkiye’nin vaktiyle en mükemmel ve en zengin kitaplıklarından olan İstanbul Üniversitesi Nadir Eserler Bölümü’ndeki emsalsiz eserleri çöplüğe lâyık gören üçlüden; yani her biri 'Profesör' unvanını taşıyan Kemal Alemdaroğlu’ndan, Kemal Gürüz’den ve Meral Alpay’dan işledikleri cürmün hesabının sorulması gerekir!

Hukukçu değilim, böyle bir cürüm ile ilgili zamanaşımının kaç sene olduğunu ve şu anda bitip bitmediğini bilmiyorum, üstelik hayatımda hiçbir zaman 'muhbir vatandaş' olmadım ama şimdi ilk defa ihbarda bulunuyorum: Bu hadise hakkında savcılığın adlî, İstanbul Üniversitesi’nin tarihçi rektörü Prof. Mahmut Ak’ın da idarî soruşturma açmaları ve Prof. Ak’ın kütüphanede ilk defa ciddî bir sayım yaptırması gerekten de öte şart gibidir!

Daha önce yazmıştım, şimdi tekrar edeceğim: Sultan Abdülhamid’in kütüphanesinin eski şaşaalı ve ilim merkezi olduğu günlere tekrar dönebilmesi için el değiştirmesi artık bir mecburiyettir! İstanbul Üniversitesi’nin böyle bir kütüphaneye sahip olmanın gereklerini yerine getiremediği açıkça ortaya çıkmıştır ve seneler boyu her şekilde perişan edilen kütüphanedeki 18 bin 600 adet elyazmasının da başına bir işlerin gelmemesinin yolu, bu yazmaların ve diğer kolleksiyonların aslî yerine, yani yakında 'Cumhurbaşkanlığı İstanbul Külliyesi' hâline gelecek olan Yıldız Sarayı’na nakledilmelerinden geçer."